Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer (FASTIKOM) merupakan perubahan nama dari Fakultas Teknik semenjak tahun 2005. Dasar dari perubahan adalah adanya program studi Ilmu Komputer yang bernaung di bawah Fakultas yaitu Teknik Informatika dan Manajemen Informatika.
Dengan adanya perubahan nama diharapkan Fakultas dapat menambah program studi yang berhubungan dengan ilmu kompuer, di samping itu gelar lulusan program studi ilmu komputer menggunakan gelar Sarjana Komputer. Hal ini dikuatkan dengan SK Rektor Nomor : SK.048/UNSIQ/VIII/2005.
Fakultas Teknik sendiri merupakan penggabungan dari tiga fakultas yaitu Fakultas Teknik Informatika, Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan dan Fakultas Teknik Industri pada tahun 2005. Alasan penggabungan adalah untuk efisiensi dan efektivitas kerja. Dasar pendirian ketiga Fakultas tersebut yaitu SK Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Pendidikan Nasional RI Nomor: 87/D/0/2001 yang terbit pada bulan Juni 2001. Hingga saat ini perkembangan Fakultas Teknik & Ilmu Komputer (FASTIKOM) UNSIQ cukup signifikan dengan bertambahnya jumlah mahasiswa setiap tahunnya dan semakin lengkap sarana dan prasarana penunjang perkuliahan dalam rangka membawa Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer (FASTIKOM) UNSIQ mampu berkompetisi dengan Perguruan Tinggi Lain yang ada di Jawa Tengah maupun di Indonesia.
Nama Pimpinan/Dekan Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer Universitas Sains Al Qur’An Jawa Tengah di Wonosobo, sejak berdiri hingga sekarang adalah sebagai berikut :
- Tahun 2001 – 2005 : Agus Suryatin, M.Si. (Fakultas Teknik Industri)
- Tahun 2001 – 2005 : H. Muntohar, M.M. (Fakultas Teknik Informatika)
- Tahun 2001 – 2005 : Abriyani Sulistyawan, M.T. (Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan)
- Tahun 2005 – 2009 : H. Suharto, M.Eng (Fakultas Teknik)
- Tahun 2009 – 2013 : Hermawan, S.T, M.M, M.T. (Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer)
- Tahun 2013 – 2017 : Wiji Lestarini, S.T, M.T. (Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer)
- Tahun 2017-2021 : Muafani, S.T, M.T. (Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer)
- Tahun 2021-Sekarang : Nasyiin Faqih, S.T, M.T. (Fakultas Teknik dan Ilmu Komputer)